Железнодорожная станция Новгород-Северский была построена в 1902 году при прокладке Новозыбковского подъездного пути. До 1995 года станция была конечной на участке, затем железнодорожный путь был продлен на 14 км к Пироговке. В 2003 году по инициативе президента Украины Л. Д. Кучмы в Новгороде-Северском был построен новый железнодорожный вокзал. На сегодняшний день через станцию курсируют два поезда дальнего следования и четыре электрички. Отсюда без пересадок можно доехать до Конотопа, Шостки, Сум (все вокзалы), Ворожбы, Терещенской, Кролевца, Путивля, Белополья.