Монастырь был основан в 1619 году на средства местной княгини Вишневецкой. Легенда гласит, что место для будущего монастыря ей указали ангелы. Как бы то ни было, деревянная церковь простояла почти до конца века. В 1692 году на этом месте был возведен каменный собор, профинансированный гетманами Самойловичем и Мазепой. Последний славился покровительством строительству украинских церквей в современном тогда стиле казаческого барокко. Во Мгарском соборе также есть элементы и ренессансной архитектуры. Монастырь постепенно разрастался: появились колокольни, главная церковь, настоятельский и братские корпуса, двухэтажная церковь. Монастырь нередко был местом захоронения священнослужителей. В свое время его посещали Мазепа, Петр I, Шевченко, Пушкин. Во время войны и при советской власти монастырь значительно пострадал, а многие фрески испортились. Но сегодня продолжаются реставрационные работы, а сам монастырь привлекает все больше и больше паломников.