Строительство храма длилось с 2007 по 2013 год. Архитектором сооружения выступил Александр Плосконос. Относительно традиционных старых днепровских храмов, храм Иоанна Крестителя является необычным. Он выполнен в форме греческого креста, а на самой его верхушке находится скульптура Иоанна Крестителя, которому и посвящен храм. Скульптуру сделал одессит Николай Худолей. В нижней части здания находится храм Захария и Елизаветы.