Учбовий заклад було засновано в 1700 році за зразком Київської колегії. Засновник – місцевий архієпископ Іоанн Максимович. В процесі своєї діяльності школа розвивалася завдяки щедрій допомозі від гетьмана Івана Мазепи. Учбовий процес був заснований на базі слов’янської та латинської школи. В колегіумі не було богословського та філологічного класів, серед учнів переважали сини священників і козаків. Навчання тривало шість років. В 1776 році учбовий заклад став духовною семінарією, яка припинила свою діяльність в 1817 році. Будівля семінарії повністю згоріла під час боїв періоду Другої світової війни. В 1950-і роки колегіум вдалося реставрувати практично повністю, окрім його східної частини. Споруда являється гордістю Чернігова та яскравим зразком українського барокко.