Перші згадування про Троїцький храм у Кам’янці-Подільському датуються XVI століттям. 1722 року тут влаштувалися базиліанські ченці, з приходом котрих у храмі організували школу богословства, а також побудували дзвіницю. Пізніше Подільська губернія увійшла до складу Російської імперії, і всі храми уніатів передали православній громаді. Пізніше до споруди прибудували двоповерховий мурований флігель з церквою Антонія і Феодосія Печерських. 1855 року цілком завершили реконструкцію Троїцької церкви, яка надала храму православних форм. У радянські часи пам’ятку "репресували", як і кілька інших храмів міста.