В 1704 году Стефан договорился о строительстве храма с архитектором Григорием Устимовым. Благовещенский монастырь сооружался на протяжении 14 лет. В 1721 году настоятель передал храму личную, достаточно богатую библиотеку. Освящение обители произошло 22 июля 1716 года с участием самого митрополита Стефана, Киевского митрополита, Переяславского и Черниговского архиеерев. Благовещенский храм построен в стиле барокко. Внутри него сохранены признаки росписи, которые Стефан распорядился произвести в 1722 году, перед смертью, отдав монастырю свои последние денежные вклады. В 1797 году монастырь пострадал от пожара. Жители Нежина выступили против его закрытия. Реставрация храма состоялась в 1803-1823 годах. Во времена советской власти монастырь был закрыт и восстановил свой статус лишь в 1999 году.