Как и большинство деревянных строений тех времен, костел неоднократно горел и вновь отстраивался. Строительство каменного здания костела пришлось на 1785–1787 годы – период наибольшего расцвета Краковца, конец XVIII века. В 1854 году храм был освящен. В 1939 году костел был поврежден пожаром, а в сороковых годах ХХ века закрыт советскими властями. Помещение обустроили как производственное. Только в ноябре 2000 года в храме, возвращенном церкви, архиепископом М. Яворским была освящена временная часовня и возобновилось богослужение.