К 1904 году церковь расширила свои границы двумя помещениями. Также в это время тут была организована воскресная школа, которая действовала вплоть до 1917 года. Как и множество святынь, большевики не обошли стороной этот храм. В 1922-1929 годах советская власть изъяла все церковные ценности, включая иконы и колокола. С 1932 по 1942 год стены собора были отданы под зернохранилище, часть здания – под ремонтные мастерские. Во времена оккупации Свято-Николаевский храм продолжил свою деятельность благодаря церковно-патриотическим мероприятиям, которые проводили священники Закрицкий и Николайченко. По окончании войны под их руководством началась восстановительная программа храма. На протяжении 10 лет при настоятеле Н. Городове церковь постепенно восстанавливалась: отстроили боковые помещения, возвели каменный забор вокруг храма. В 1994 году закончились работы по реставрации колокольни. С 2007 года храм Николая Чудотворца носит статус морского храма, здесь проходят богослужения, действует воскресная школа.