Первый Николаевский храм города Купянска был деревянным, его построили в 1705 году, а уже каменный появился в 1852 году. Храм Святого Николая возвели за счет пожертвований прихожан и помещика Апаршина. Церковь освятили и назвали в честь чудотворца Николая. В 1932 году вследсвие рядя исторических событий купол и колокольню храма разрушили, а в центральном алтаре вели торговлю. Через пару десятков лет его все же открыли для богослужений. В 1991 году была произведена реконструкция храма, благодаря которой его привели в первоначальный вид.