На берегах лиману створено також кілька ботанічних заказників для охорони численних рослин, які тут проростають (вони входять до Червоної книги). Тут також розташовуються численні дитячі оздоровчі заклади. У 2000-х роках акваторію Молочного лиману площею понад 22 тисячі гектарів і його узбережжя включено до складу Приазовського національного природного парку. У грудні 2002 року обласна рада Запорізької області ухвалила рішення про ліквідацію 41 об’єкта природоохоронного фонду, серед яких опинився і заказник "Устя Молочного лиману".