Строительство церкви началось после закрытия старого храма в Шатаве. Во время инспекции церквей Подолья иерей Скворцов принял решение объединить шатавский приход с приходом из Маковки. Спустя некоторое время в Шатаве, неподалеку от кладбища, был заложен фундамент новой церкви. Архитектурная особенность храма заключается в его конструкции. Здание выполнено в виде ротонды. Ее внутренние колонны, соединенные арками, установлены по кругу. Они поддерживают цилиндрический световой барабан. Завершением конструкции является купол. Обходная галерея имеет плоское перекрытие. В верхней части храма, под карнизом находится декоративная полоса с элементами растительного орнамента. Существует легенда, согласно которой во времена гражданской войны именно в церкви Иоанна Богослова Нестор Махно обвенчался со своей избранницей.