В 1839 году Волынская духовная консистория обратилась к владельцу Низкиницкого поместья с ходатайством о проведении ремонта церкви, а также с просьбой выделить церкви земельный участок для собственных нужд. Владелец поместья не мог выделить средства в требуемом объеме, но он указал властям на то, что при постройке церкви изначальным меценатом были выделены средства на ее дальнейшее содержание, и что эти средства можно было бы использовать для ремонта и приобретения земли. Но в связи с бюрократическими процедурами деньги на ремонт церкви получить так и не удалось, однако земельный участок церкви выделили. Помещение церкви становилось все более ветхим. В ХІХ веке храм пребывал в аварийном состоянии. Но в конце ХІХ столетия представители местной интеллигенции заинтересовались помещением храма как исторической ценностью. С тех пор и началась борьба людей с обстоятельствами по восстановлению церкви. Не пощадили помещения церкви и две мировых войны, оставив много повреждений. В 70-х годах ХХ века храм был восстановлен, а с 1997 года на на его территории вновь начинает свою деятельность мужской монастырь. Сейчас церковь является действующей.