В начале августа 1941 года в Вергуны вступили немецкие войска и пробыли здесь два года и три с половиной месяца. Во времена оккупации фашисты устроили настоящий террор местного населения. Были сформированы хозяйства, где селяне вынуждены были выполнять тяжелую работу. Здесь к ним относились, как к рабам. Домашний скот у населения был реквизирован на нужды фашистской Германии. Мелкую домашнюю живность, овощи, зерно военные отбирали, обрекая тем самым крестьян на голодную смерть. 42 жителя Вергунов были вывезены в немецкую неволю. Фашисты расстреливали и вешали людей за любую провинность, поэтому они стали убегать в лес, вступая там в партизанские отряды. Партизаны периодически устраивали диверсии против немцев. Одну из таких диверсионных партизанских групп, выполняющую очередное боевое задание, немцы задержали в Вергунах. Здесь их после пыток и расстреляли. 16 декабря 1944 года село было освобождено от немцев. После освобождения многие жители села пополнили ряды Советской Армии. С той войны не вернулось 322 местных жителя. Их имена высечены на мемориале в центре села, посвященном павшим воинам.