В течение длительного времени еврейское население подвергалось погромам и арестам, много жителей погибло, синагоги сносились, но кладбище сохранилось до наших дней. Во время Второй мировой войны в Крыжополе существовало еврейское гетто, в котором проживали в том числе и депортированные евреи из Румынии. Центральная улица гетто по распоряжению оккупантов была вымощена плитами с еврейского кладбища. После освобождения Крыжополя от фашистов, погибшие в гетто румынские евреи были перезахоронены на еврейском кладбище.