Междуречье Мурафы и Мурашки в XVI веке принадлежало богатому польскому шляхтичу, канцлеру Яну Замойскому. Королевским универсалом от 26 марта 1579 года король Стефан Баторий распорядился возвести здесь, на дальних, юго-восточных, границах Речи Посполитой замок-крепость. Система фортификаций начала строиться в 1585 году, название получила в честь основателя рода Замойских, католического святого Флориана Шарого (по-польски "серого"). К строительству были приобщены высокопрофессиональные архитекторы из Италии во главе с Бернардо Морандо. Расположение замка как оборонного сооружения было не совсем удачным. С высоты находящихся рядом Могилевской и Мурафской гор он был как на ладони. Наверное, поэтому замок сначала был разрушен казаками Северина Наливайко в 1595 году, а затем в 1648-м его захватили отряды полковника Максима Кривоноса. В 1651 году Шаргород вновь стал польским, а в 1672-1699-х принадлежал Османской Порте. Именовался Шаргород тогда Кучук-Стамбулом (маленький Стамбул).