На территории станции Могилев-Подольский размещены различные постройки: пассажирский вокзал, состоящий из двух сталинских корпусов и одного современного, путейские домики, технические и хозяйственные объекты. В здании вокзала оборудован комфортный зал ожидания, есть погранично-таможенный зал, кассы по продаже железнодорожных билетов. На станции производится посадка и высадка пассажиров, продажа билетов на все пассажирские поезда, прием и выдача грузов повагонными и мелкими отправками, а также в универсальных контейнерах.