Рождественский храм в Ковягах существовал еще в середине XVIII века. Нынешний был возведен в 1904-м или, согласно другим данным, в 1906 году на средства прихожан. Построили его из дерева по крестовой конструкции в стиле народной архитектуры. В 30-х годах прошлого века данную святыню, как и большинство церквей в то время, закрыли и переделали под клуб. Во время Второй мировой войны немцы ее использовали как госпиталь. С 1943 по 1949 годы богослужения возобновились. И после этого до 1991 года в церковном помещении размещались то столярные мастерские, то библиотека и ЗАГС, то вновь клуб. В 1991 году храм освятили и передали в управление УПЦ Московского патриархата.