Здесь вблизи русел рек очагами сохранились пойменные лиственные леса в возрасте 50-60 лет – дубы высотой до 18 м, ясени, изредка осины, вязы, липы, клены. Из травянистых растений лесов особый интерес вызывает реликтовый вид страусовое перо обычное, отдельные экземпляры которого здесь достигают полутораметровой высоты. Большая же часть территории – луга, часть из них заболоченные, и множество водоемов. Главной достопримечательностью заказника является популяция животного, занесенного в международную и украинскую Красную книгу – выхухоли обыкновенной. Её охране уделяется особое внимание. Сейчас заповедник – единственный островок обитания этого животного, оставшийся от некогда обширного ареала. Живут в заповеднике также бобры и множество водоплавающих птиц, из числа которых особо следует выделить лебедей-шипунов и серых гусей. Лучшим решением для обеспечения охраны ландшафтов и фауны долины Сейма было бы создание природного национального парка на основе Среднесеймского заказника.