Первый храм на этом месте появился в 1818 году. Это была деревянная церковь в украинском стиле, которую заложили переселившиеся в конце XVIII века в Бессарабию запорожские казаки. Спустя почти сто лет постаревшая деревянная церковь была разрушена. Для возведения нового храма прихожане начали сбор средств. В 1902 году новое кирпичное здание было освящено и получило название в честь святого Николая-Чудотворца. Все иконы и реликвии в церкви были закуплены на деньги паствы; многие из них привезли сами вилковчане из разных уголков мира. К своему столетию церковь была полностью отремонтирована. Проведена реставрация настенной росписи и алтаря, обновлен фасад здания.