Музей начал свою культурную деятельность в 2002 году по инициативе общественного центра "Мигдаль". Музей решили отрыть по той причине, что история еврейского населения практически не представлена в Одессе, хотя, по статистическим данным, этот город третий по количеству жителей-евреев в мире. За годы работы музея его посетили десятки тысячи людей, было организовано более тысячи экскурсии, проведено множество лекций, семинаров и памятных мероприятий. Площадь музея достигает двухсот квадратных метров и располагается в девяти комнатах. Музей поддерживают благотворительные фонды, большинство экспонатов подарены культурными деятелями.