Музейна експозиція розміщена в шести залах на двох поверхах будівлі. Три зали присвячені життєвому і творчому шляху Куїнджі: тут зберігаються картини, як оригінали (ескіз "Червоний захід", два етюди "Осінь. Крим" і "Ельбрус"), так і якісні копії в натуральну величину; а також фотографії, документи, листи, предмети меблів, що належать Архипові Куїнджі, бюст, барельєф, проект пам’ятника Куїнджі, книги про його життя і творчість. У четвертому залі зібрано твори сучасників майстра: Івана Айвазовського, Олексія Боголюбова, Василя Верещагіна, Миколи Дубівського, Льва Лагоріо, Івана Шишкіна. П’ятий і шостий зали відведено під експозицію картин відомих пейзажистів: Миколи Глущенка, Михайла Дерегуса, Івана Марчука, Тетяни Яблонської, Олексія Грицая, Сергія Шишка, Валентини Цвєткової та інших. Також тут представлено твори маріупольських художників. Окрім постійної експозиції, в музеї імені Куїнджі проходять художні виставки, камерні музичні вечори, тематичні зустрічі, лекції, демонстрації фільмів про мистецтво і творчість художників.