Церковь посвящена святому Онуфрию, но точно неизвестно какому: Онуфрию Великому (440 год) из числа отцов христианской церкви или Онуфрию Молчаливому (XII век), древнерусскому святому. По вопросу даты сооружения храма мнения экспертов разошлись. Одни считают, что это конец XVI века, когда город стал частным владением польских магнатов Калиновских. По мнению других – первая половина XVII столетия. Во время турецкой оккупации Подольского воеводства (1672-1699 годы) церковь была переделана в мечеть, минаретом служила оборонная башня. В 1683 году Гусятин был отвоеван у турков польским шляхтичем Анджеем Потоцким. Во время Первой мировой войны к церкви пристроили два боковых помещения. В 1928 году была уничтожена оборонная башня с бабинцем. В 1992-1993 годах в рамках реставрационных работ фасады храма полностью покрыли цементом, и она утратила свой древний вид.