В 1685 году на этом же месте построили деревянную Покровскую церковь, которая вскоре начала разрушаться и ее разобрали. В 1766–1772 годах здесь возвели современный каменный храм. Изначально он был двухъярусный с куполами грушевидной формы, внутренние помещения были украшены оригинальной авторской лепниной. Но большой пожар на Подоле, произошедший в 1811 году, нанес церкви серьезный урон. Позже ее восстановили уже как одноярусную. Оригинальные купола в стиле украинского барокко заменили новыми, полусферической формы, а колокольню реконструировали только через 19 лет. Во время нацистской оккупации Покровская церковь стала местом спасения многих киевских евреев, которым помогал священник Алексей Глаголев. Удивительно, но в советское время власть не закрывала храм и даже в послевоенное время он оставался действующим. В 1980-х годах в здании провели основательную реконструкцию, в ходе которой церковь вновь стала двухъярусной. Сейчас она принадлежит Украинской автокефальной православной церкви.