Значительная часть заказника – Великоселецкое болото – одно из крупнейших в регионе. Оно представляет собой комплекс мелководных озер, окруженных высокотравной растительностью: камышом обыкновенным, рогозом узколистым и кугой, или рогозом широколистым. В самих озерах много типичных для здешних мест водорослей. В старицах, которых много в Малоселецкой части заказника, растут белые водяные лилии. Ими питаются ондатры и водяные крысы. В чистой воде встречается водяной папоротник – сальвиния плавающая. В высокотравье вдоль старых русел полосами растет интересный злак – манник большой с густыми метельчатыми соцветиями. Название растение получило благодаря своим созревающим в конце лета сладким съедобным семенам. Есть возле стариц и специфические повышенные участки с засоленной почвой, покрытые солелюбивыми растениями. Озера и старицы Великоселецкого заказника являются прекрасным местом для гнездования водоплавающих птиц.