В 1571 году князем Евфимием-Богушем (Богушем Корецким) было принято решение о восстановлении женского монастыря с целью расширения границ православной веры на Волыни и вытеснения римо-католической, стремительно заполоняющей эти земли. В 1579 году строительные работы были окончены, но завершить его было непросто по причине тех же распрей между двумя церковными "лагерями". Даже после того, как заключили Брестскую унию (1596 г.) и православные волыняне лишились всех женских монастырей, стараниями протоиерея Лаврентия и Стефана Тустановских Корецкий монастырь остался нетронутым. В 1620 году все больше и больше гонимых провославных монахинь начали искать в Корецком монастыре убежища, поэтому его территория начала расширяться. Но уже в 1622 г. Ян-Карл принял римо-католицизм и состоялась передача келейных корпусов и нового храма францисканцам, которые, по некоторым версиям, в 1754-1767 гг. соорудили монастырский комплекс в стиле барокко, каким его можно наблюдать в наше время.