История церкви прослеживается еще с XVIII века. В 1738 году было разрешено строительство храма на Подоле на территории нынешней Контрактовой площади. В 1748 году здесь образовался Свято-Екатерининский мужской монастырь. Богослужение шло на греческом языке, поскольку прихожанами были члены киевской греческой общины. В 1915 на месте прежней была воздвигнута новая колокольня храма. В 1929 храм был разрушен, а монастырские помещения использовались для хозяйственных нужд. В 1995 году монастырский комплекс был передан Национальному банку Украины, который и выполнил восстановление монастырской колокольни. С 1999 года по 2001 год община по договору с НБУ пользовалась храмовым помещением и комнатой для церковной канцелярии. Когда же срок договора истек, НБУ отказался его продлить и не позволил проводить далее богослужения в церкви. Какое-то время службы совершались на улице перед закрытым храмом, затем – в арендуемых помещениях на Подоле и в Липках. В 2006 году Центр богословских исследований приобрел помещение на Куреневке, и там стала возможной организация церкви.