Самые разнообразные исторические объекты, представленные в музее, так или иначе связаны с деятельностью Харьковского университета и жизнью его студентов и преподавателей. Условно музей разделён на четыре зала: для постоянно действующей экспозиции, для временных выставок, для показа фильмов и видео, а также для исследовательской деятельности. Экспонаты музея демонстрируют процесс становления и развития Харьковского национального университета им. В.Н. Каразина от начала работы (1804 год) до наших дней. Работниками музея на постоянной основе осуществляется научно-исследовательская и издательская деятельность. При музее регулярно проходят собрания Клуба любителей истории университета, на которых обсуждаются различные исторические направления деятельности университета и вносятся предложения по улучшению работы музея.