Музей был создан 14 ноября 1978 года. Фонд был сформирован на основе коллекции экспонатов, переданных институтом археологии Академии наук УССР. За время своего существования учреждение сменило несколько помещений. Экспозиция довольно обширна, поэтому во время посещения музея можно узнать много интересных и малоизвестных фактов про историю столицы. Музей истории Киева оснащен современной техникой, планшетами, благодаря которым можно читать информацию, узнавать больше о городе через интерактивные игры. У экспонатов есть подписи на английском языке. На нижних этажах здания проводятся временные выставки, организовываются мастер-классы, работает кафе. Вход в здание музея оснащен широкими дверьми, имеет нулевой перепад уровней и плавный скат на тротуар, что облегчает въезд для посетителей с колясками.