Немалое количество накопившихся работ послужило поводом для начала открытия музея в городе. Изначально был только отдел природы в краеведческом музее, но с помощью И. Пачоского выделили отдельное помещение для музея. В 1904 году началось создание музея. А в 1905 он уже имел в своем фонде 1572 экспоната. Только для одного лишь собрания насекомых потребовалось семь шкафов. В 1906 году музей принял первых посетителей. Музей также с начала своего открытия участвовал во многих выставках и в других городах, за что был отмечен премиями и знаками отличия. Редкие коллекции, собранные польским биологом, представляли огромную историческую и научную значимость. В годы войны ни сам музей, ни его содержимое не были повреждены, хотя кое-какие предметы немцам все же удалось вывезти. В послевоенный период музей возобновил свои фонды и на сегодняшний день является уникальной научной базой, которой пользуются студенты Украины и многих других стран.