Учебное заведение было основано в 1700 году по образцу Киевской коллегии. Основатель – местный архиепископ Иоанн Максимович. В процессе своей деятельности школа развивалась благодаря щедрой помощи от гетмана Ивана Мазепы. Учебный процесс был основан на базе славянской и латинской школы. В коллегиуме не было богословского и филологического классов, среди учеников преобладали сыновья священников и казаков. Учеба длилась шесть лет. В 1776 году учебное заведение стало духовной семинарией, которая прекратила свою деятельность в 1817 году. Здание семинарии полностью сгорело во время сражений периода Второй мировой войны. В 1950-е годы коллегиум удалось реставрировать практически полностью, кроме восточной его стороны. Здание является гордостью Чернигова и ярким образцом украинского барокко.