Строительство Ионинского православного мужского монастыря относится к середине XIX века. Основателем был архимандрит Выдубицкого монастыря Иона, которому не раз являлись видения Господа и Божьей Матери. К 1918 году в монастыре проживало более 800 монахов. В 1934 году по распоряжению советских властей монастырь был закрыт, а Покровский храм разрушен. В 1935 году вокруг монастыря был основан ботанический сад, а стены обители служили складскими помещениями. В 1991 году здесь возобновились богослужения, монастырь был скитом Киево-Печерской лавры и уже в 1995 году ему был возвращен статус самостоятельного. В 2000 году здесь были проведены реставрационные работы по восстановлению Свято-Троицкой церкви, колокольни и братских корпусов.