Привлекательным туристическим объектом заповедника является Спасо-Преображенский собор – один из древнейших храмов Руси. Рядом со Спасским собором находится еще один свидетель княжеской добы – Борисоглебский собор – усыпальница князей рода Давидовичей, позже главный храм кафедрального монастыря, ликвидированного указом российской императрицы Екатерины II в в 1786 году. Особой популярностью пользуется пещерный комплекс Троицко-Ильинского монастыря, основанный монахом Антонием – основателем знаменитой Киево-Печерской лавры, с подземными церквями, кельями и галереями. Заповедник имеет различные фондовые коллекции. Одной из таких является редкая коллекция иконописи, которая насчитывает около тысячи икон. Это самое большое музейное собрание икон, которое представляет иконописную живопись Черниговщины XVII–XIX веков. Ценной коллекцией является сборник архитектурной деревянной резьбы XIX – нач. ХХ веков (единственный в Украине), которая украшала дома жителей города Чернигова и представляет малоисследованную страницу культуры Украины. Представлены также интересные коллекции старопечатных книг XVI–ХIХ веков, культовой одежды и шитья, фрагментов фресковой росписи XI–XIII веков, археологических материалов, кафеля, кирпича ХVII–XVIII веков, керамических плиток пола, клейменного кирпича XIX веков, украинских рушников.