Основная легенда гласит о том, что монастырь был основан женой воеводы Мирослава – Матроной. Дело в том, что в 1036 году, когда воин возвращался после битвы с печенегами, он решил проверить, насколько хорошо укреплена принадлежавшая ему крепость, и выстроил лодки в боевом порядке. Матроне показалось, что это нападает враг, поэтому она приказала их уничтожить и тем самым убила своего мужа. Когда она поняла свою ошибку – решила принять монашество и основала монастырь, который мы по сей день именуем Мотронинским. Дату его основания принято относить к 1198 году, когда в летописях упоминается епископ Павел, который освятил церковь. Далее письменные источники гласят, что в 1240 году монголо-татары под предводительством хана Батыя сожгли святыню и только в середине XVI века началась ее реконструкция. Во время своего правления, казаки почти две сотни лет оберегали монастырь, приносили ему разнообразные дары, выделяли земельные участки. Активное участие в этом принял Петр Конашевич-Сагайдачный. В советское время церковь не очень чествовали, ее закрывали и грабили. Во второй половине XX века ее пытались реставрировать, взяв за основу рисунок Тараса Шевченко "Мотронин монастырь".