С 1884 года начинается история жизни монастыря. Ильинский общежительный скит на Афоне купил в Одессе дом, где богомольцы, следующие через город к Святой Земле, находили пристанище. Здесь им давали ночлег, еду, содействовали в получении заграничного паспорта. Паломников становилось все больше, территория храма расширялась. В 1894-м Александр III дал разрешение на возведение храма на территории дома, архимандрит Гавриил заложил первый камень. К 1896-му храм был закончен и открыл свои двери. В будущем стены храма стали пристанищем для мощей Гавриила Афонского. Мощи святого с первых дней их обнаружения творят чудеса исцеления, большая часть которых задокументированы. Помимо них, в храме имеется копия чудотворной иконы Божией Матери "Млекопитательницы", привезенная из Константинополя. С 1997 года в монастыре расположено Одесское епархиальное управление. Архимандрит Антоний, назначенный наместником монастыря в 2004 году, вдохнул в него свежие силы: проведена реконструкция здания, закуплено новое оборудование.