В нескольких залах музея представлены тематические выставки. Здесь можно увидеть экспозиции, посвященные жертвам холокоста. Отдельная фотовыставка повествует о Харькове во время Второй мировой войны и вкладе еврейского народа в победу над нацизмом. Действует экспозиция, посвященная "Праведникам народов мира" – людям из разных стран, спасавшим евреев в годы Холокоста. Также в музее открыта галерея "Ами", в которой проходят временные фото- и художественные выставки украинских авторов. Особое внимание уделяется вопросам еврейского сопротивления и умалчивания трагедии в послевоенное время. При музее работает тематическая библиотека, регулярно выпускается газета "Дайджест - Е".