Музей был создан в 1945 году и занял 17 помещений на базе бывшего комитетского управления (сейчас там располагается художественный музей). В 1947 году был перемещен в Ужгородский замок, в котором находится до сих пор и регулярно пополняется новыми археологическими находками. К структуре музея относятся также некоторые областные филиалы, созданные в советское время, часть из которых с приходом независимости стали автономными единицами. Сейчас музей насчитывает 30 залов, в которых собраны экспонаты разных исторических времен, – всего около 115 тысяч. Из самого ценного, что там есть, можно назвать книги: "Королевское Евангелие" 1401 года, "Острожскую Библию" издателя Ивана Федорова, "Библию руську" 1519 года и еще ряд древних печатных изданий. Представлены также национальные и исконно закарпатские музыкальные инструменты, этническая одежда, традиционная вышивка. Особого внимания заслуживают большие коллекции монет и оружия.