Станция была построена в 1901 году при открытии железной дороги Киев – Полтава. Первым начальником станции был крестьянин Федор Савич Смаглиенко. Станция упоминается в книге "Мое участие в освободительной борьбе 1917–1920 годах" Станимира Осипа. В 1994 году линию, на которой расположена станция, электрифицировали. Часть линии Дарница – Гребенка на отрезке Яготин – Гребенка протяженностью всего 47 км проходит по территории трех областей: Киевской, Черкасской и Полтавской. Станция Кононовка расположена на территории Черкасской области, это фактически самая северная точка области. На сегодняшний день через станцию Кононовка курсирует 14 пригородных поездов.