Несмотря на его выдающиеся заслуги в государственной деятельности и на военных фронтах, в 1937 году Крапивянский был репрессирован. Его приговорили к пяти годам лагерей. После освобождения он вернулся на родную землю. Жил в городе Буинске. После победы над немецко-фашистскими захватчиками обосновался в городе Нежине Черниговской области. Были попытки переезда в Москву, однако как репрессированный Крапивянский не имел права жить в ее пределах, и поэтому был вынужден вернуться в Нежин. Работал конюхом. Умер в городе Нежине в 1948 году. Крапивянский, как и многие другие, был реабилитирован уже посмертно, в 1956 году. В честь Николая Григорьевича названа одна из улиц города Нежина. В 1977 году по инициативе городских властей Чернигова был установлен памятник Николаю Григорьевичу на Аллее героев, где находятся памятники выдающимся государственным и общественным деятелям. В 2015 году были совершены акты вандализма по отношению к памятнику Крапивянскому, вследствие чего памятник был передан на хранение в Черниговский исторический музей имени Тарновского.