По преданию его основали монахини, бежавшие с разграбленного турецкими войсками Калатурского монастыря. Четверым монахиням пришлось ночевать посреди леса, ночью им было видение, в котором Святой Николай благословляет их на основание в этом месте монастырской обители. Утром монахини обнаружили возле источника образ Святого Николая. В 1779 году Киевский митрополит дал разрешение на возведение в Лебединском лесу святыни. Все монастырские сооружения изначально были деревянными, позже в 1800 году святыня была частично отстроена в камне. Во времена Колиивщины монастырь всячески поддерживал восставших. В 1910-х годах было построено здание гостиницы для многочисленных паломников. После захвата власти большевиками монастырь распустили, в его помещениях проживала коммуна, позже размещался тубдиспансер, лепрозорий. В 1992 году монастырь вновь открылся. Теперь это действующая женская обитель.