Музей был создан в 1900 году. Сейчас он размещается в здании бывшей земской управы. Основой коллекции послужили экспонаты, подаренные Александром Лазаревским – старинное оружие, картины, рукописи, а также книги из личной библиотеки Степана Пономарева (1828-1913) – ученым-библиографом, филологом, поэтом, родившимся в Конотопе. Сейчас музей хранит около 23 тысяч экспонатов, часть которых выставлена в 10 залах музея и раскрывают историю Конотопщины от древнейших времен до современности, рассказывают о природе края, его выдающихся людях. Некоторые артефакты уникальны, как например, имеющее не только историческую, но и художественную ценность кресло графа Кирилла Разумовского – последнего гетмана Украины. Выставлены в залах и образцы казацкого оружия и конской сбруи периода освободительной войны 1648-1657 годов. Одним из прекраснейших образцов книгопечатания является Евангелие, изданное в 1708 году. Этнография региона раскрыта в образцах здешних мастеров ткачества, вышивки, ковроделия, народной живописи, керамики, резьбы по дереву. Отдельный зал музея экспонирует уникальные артефакты, связанные с пребыванием на Конотопщине Тараса Шевченко.