В 1772 году монахи-василиани основали греко-католический монастырь в Каменец-Подольском. Первые же упоминания о православной Троицкой церкви в этой местности датируется 1582 годом. Предположительно, в XIII–XIV веках здесь стоял древний храм. Во времена правления турков церковь служила мечетью. После того как Подолье было присоединено к Российской империи, церковь стала православной. В 1855 году здание монастыря было перестроено согласно православным традициям. Церковь Святой Троицы не пережила советское время и была полностью разрушена. В 2008 году усилиями монахов-василиан на фундаменте старой церкви был возведен новый храм.