Музей берёт своё начало с небольших коллекций, хранившихся в Ришельевском лицее, позднее известного как Новороссийский императорский университет. К развитию отдела с минералами приложил максимум усилий профессор Р. Прендель. В 1933 году кабинет вырос до статуса полноценного музея. В современном музее посетители могут созерцать несметное количество природных минералов и горных пород, собранных в верхних слоях литосферы и основной части гидросферы, а также их синтетические аналоги. Музей славится богатой коллекцией каменных и железных метеоритов. Особое место отведено образованиям, извлечённым в 80-е годы со дна Мирового океана. Также на стендах можно увидеть минералы из местных катакомб и пещер. Здесь регулярно проходят образовательные и ознакомительные экскурсии для студентов.