В XIII-XV вв. скит был разорен и разрушен, а открыт заново только в XIX веке преподобным Иннокентием. Комплекс на территории Церковщины постоянно расширялся, вследствие чего к началу ХХ века возник монастырь Рождества Богородицы, который получил название Скит Пречистой. Судьба Гнилецкого монастыря была весьма трагична в советские годы: как и все аналогичные памятки, он был закрыт, а на его месте были организованы сначала исправительная колония, затем лагерь для военнопленных, потом больница и санаторий. Для отдыхающих санатория в помещении одного из храмов был обустроен танцевальный зал. Восстановление исторической ценности монастыря началось уже в период независимости Украины: богослужения ведутся с 1999, на территории продолжают проводиться раскопки. Здесь также проводят экскурсии с посещением пещер.