Первые данные о православной Троицкой церкви относятся к 1582 году. Существует версия, что на этом месте находился ещё более древний храм XIII–XIV веков. Во времена турецкого правления церковь служила мечетью. После ухода турок храм перешел во владение греко-католикам и стал соборным. В середине XVIII столетия силами поселившихся при церкви базилианских монахов был основан монастырь, колокольня, а также организована школа богословия. После входа Подолья в состав Российской империи в 1793 году Троицкий храм постигла судьба всех униатских культовых сооружений: он был передан православным. В 1836 году возле монастырского корпуса появилась пристройка в виде каменного флигеля в два этажа с теплой церковью Антония и Феодосия Печерских. К 1855 году завершилась реконструкция Троицкой церкви с приданием ей православных форм. Само сооружение получилось небольшим, длиной около 23 метров и шириной около семи. Западная часть отделена от средней части аркой. В советские времена церковь была полностью разрушена и восстановлена уже после распада Союза.