Музей берет свое начало с 1894 года, когда на земском собрании приняли решение о создании в Прилуках историко-природоведческого музея. Тогда собранием ценных материалов занялся И. Капустянский, который сохранил многие ценные рукописи. В 1927 году заведующим становится профессор Василий Иванович Маслов, который, не смотря на тяжелые исторические времена, сделал данное музейное заведение одним из лучших в Украине. На основе частной коллекции мецената Г. Галагана он создал новую экспозицию с шедевров мирового искусства, среди которых работы Айвазовского, Штернберга, Шевченко и других. Еще здесь появилась коллекция народных и старинных картин, икон, гравюр, драгоценных ваз, монет, казацкого оружия и многого другого. Открылся отдельный зал истории города. Особое внимание привлекают такие экспонаты как седло гетмана Даниила Апостола и макет Прилуцкой церкви. В 1953 году самые дорогостоящие материалы перевезли в Черниговский музей. Однако сбор исторических и природных ценностей не прекратился, и в выставочном зале появилось колоритное собрание декоративно-прикладного искусства, коллекция икон и разнообразных нумизматических экземпляров.