Історія церкви сягає ще XVIII-го століття. У 1738 році дозволили звести храм на Подолі на території нинішньої Контрактової площі. У 1748 році тут утворився Свято-Катерининський чоловічий монастир. Богослужіння йшло грецькою мовою, оскільки парафіянами були члени київської грецької громади. У 1915 на місці колишньої спорудили нову храмову дзвіницю. У 1929 храм був зруйнований, а монастирські приміщення використовувалися для господарських потреб. У 1995 році монастирський комплекс передали Національному банку України, який відновив монастирську дзвіницю. З 1999 року по 2001 рік громада за договором з НБУ користувалася храмовим приміщенням і кімнатою для церковної канцелярії. Коли ж термін договору сплив, НБУ відмовився його продовжити і не дозволив провадити богослужіння. Певний час служби відбувалися на вулиці перед закритим храмом, потім винайняли приміщення на Подолі та в Ліпках. В 2006 році Центр богословських студій придбав приміщення на Куренівці, і там уможливилася організація церкви.