Музей був створений 14 листопада 1978 року. Фонд було сформовано на основі колекції експонатів, які передав інститут археології Академії наук УРСР. За час свого існування установа змінила кілька приміщень. Експозиція досить велика, тому під час відвідин музею можна дізнатися багато цікавих і маловідомих фактів про історію столиці. Музей історії Києва оснащено сучасною технікою, планшетами, завдяки яким можна читати інформацію, дізнаватися більше про місто через інтерактивні ігри. Поруч з експонатами є підписи англійською мовою. На нижніх поверхах будівлі проводяться тимчасові виставки, організовуються майстер-класи, працює кафе. Вхід до будівлі музею оснащено широкими дверима, він має нульовий перепад рівнів і плавний скат на тротуар, що полегшує в’їзд для відвідувачів з колясками.