Цінність експозиції музею полягає в тому, що більша частина того, чим багаті зали музею, – це справжні речі давніх народів, що населяли колись Подніпров’я. Це типові знаряддя праці, звичні кочевникам і землеробцям предмети побуту, грізна зброя та унікальні прикраси того часу. Функціональні вироби з примітивних матеріалів, майстерно створені ремісниками і простими кочевниками, зібрані під час проведення археологічних розвідок на місцях розташування давніх городищ. Велику частину предметів, представлених у музеї, вдалося зібрати під час розкопок поселення, що колись розташовувалося на місці сучасного Холодного Яру. Експозиція розподілена на вісімнадцять тематичних підгруп, які охоплюють різні часи і культурні стани. Сам Національний історико-культурний комплекс, до складу якого входить музей, досить великий.