Станцію створили в 1876 році. З 2015 року на залізничному пункті тривали роботи зі збільшення пропускної здатності. Планувалося, що станція Генічеськ стане кінцевою для залізничного транспорту далекого сполучення. Однак, з 2017 року (через зменшення пасажирського потоку) рух поїздів тимчасово припинено, а потяги натомість курсують до станції Новоолексіївка. У будівлі вокзалу працює квиткова каса, надаються послуги оформлення багажу, а також відбуваються приймання і видавання вагонних вантажів. Через станцію Генічеськ курсують потяги в напрямку до Києва, Дніпра, Кривого Рогу, Івано-Франківська.