Музей розпочав свою культурну діяльність 2002 року за ініціативою громадського центру "Мигдаль". Музей вирішили відкрити, оскільки історія єврейського населення практично не представлена в Одесі, хоча, за статистичними даним, це місто третє за кількістю мешканців-євреїв у світі. За роки роботи музею його відвідали десятки тисяч людей, було організовано більше тисячі екскурсій, проведено безліч лекцій, семінарів і пам’ятних заходів. Площа музею досягає двохсот квадратних метрів, він розміщується в дев’яти кімнатах. Музей підтримують благодійні фонди, більшість експонатів подаровані культурними діячами.